Peruskoulun oppisisältöjen lisäksi koulutyön tärkeä tavoite on ylläpitää oppilaan koulunkäyntivalmiuksia ja -taitoja sekä harjoitella luokkatyöskentelytaitoja. Opetusta annetaan tarpeen mukaan yksilö- tai ryhmäopetuksena.

Nivelvaiheessa sairaalakoulu ja oppilaan oma koulu tekevät yhteistyötä. Yhteistyö oppilaan omaan kouluun tiivistyy laadittaessa pedagogisia asiakirjoja. Jokaisella oppilaalla säilyy koulupaikka kotikunnassa. Myös todistukset kirjoitetaan oman koulun nimissä.